1998 berief der Aufsichtsrat den Schifffahrtskaufmann Axel Meynköhn zum neuen Geschäftsführer der W.D.R.. Nach Jahrzehnten nahezu ungebremsten Wachstums des Tourismus auf den Inseln galt es nun das Unternehmen auf sich verändernde Rahmenbedingungen vorzubereiten. Die Durchführung von Aufgaben im Bereich der öffentlichen Daseinsvorsorge auf den Inseln und Halligen erfolgt wie schon vor 125 Jahren unter vollständigen Verzicht auf öffentliche Mittel auf rein eigenwirtschaftlicher Grundlage.
Die Aktivitäten der W.D.R. umfassen heute drei Bereiche: Die Föhr-Amrum-Linie (FAL), die Hallig-Linie (HAL), Ausflugsverkehr mit Fahrgastschiffen sowie der ÖPNV auf Föhr und Amrum. Derzeit bereedert die W.D.R. fünf eigene Autofähren ("Nordfriesland", "Rungholt", "Schleswig-Holstein", "Uthlande" und "Hilligenlei") sowie das Ausflugsschiff "Rüm Hart". Im Linienbusverkehr werden insgesamt 7 moderne Fahrzeuge eingesetzt, drei Drehgelenkfahrzeuge verkehren auf Amrum, vier weitere Solo- und Drehgelenkfahrzeuge auf Föhr. Insgesamt beschäftigt die Wyker Dampfschiffs-Reederei Föhr-Amrum GmbH in allen Betriebssparten rund 170 Mitarbeiter. Das Unternehmen hat über 500 Gesellschafter, deren Interessen der mit neun Mitgliedern besetzte Aufsichtsrat vertritt. Die Stadt Wyk auf Föhr als einstige Mehrheitsgesellschafterin hat in den vergangenen Jahren einen erheblichen Teil ihrer Beteiligung veräußert, in diesem Zuge sind neue Gesellschafter in das Unternehmen eingetreten. Die Stadt hält heute einen Anteil von rund 31% an der W.D.R. Zu den neuen Anteilseignern zählt u.a. die AG Reederei Norden-Frisia mit einem Anteil von rd. 35%. Umgekehrt ist die W.D.R. Aktionärin bei AG Reederei Norden-Frisia. Ein gegenseitiges Beteiligungsverhältnis besteht auch mit der Neuen Pellwormer Dampfschiffahrts-GmbH (W.D.R. an NPDG 25,1%; NPDG an W.D.R. 4,9%).

Am 14. März 2010 beging die Reederei das 125-jährige Jubiläum. Dieses besondere Ereignis wurde zusammen mit der Taufe des Fährschiffneubaus, MS "Uthlande" (Nr. 5) am 11.06.2010 in Gegenwart des schleswig-holsteinischen Ministerpräsidenten vor ca. 250 geladenen Gästen und ca. 3000 Zuschauern gefeiert. Anlässlich des Jubiläums erschien auch die aktualisierte W.D.R.-Chronik in der 4. Auflage.