1998 berief der Aufsichtsrat den Schifffahrtskaufmann Axel Meynköhn zum neuen Geschäftsführer der W.D.R.. Nach Jahrzehnten nahezu ungebremsten Wachstums des Tourismus auf den Inseln galt es nun das Unternehmen auf sich verändernde Rahmenbedingungen vorzubereiten. Die Durchführung von Aufgaben im Bereich der öffentlichen Daseinsvorsorge auf den Inseln und Halligen erfolgt wie schon vor 130 Jahren unter vollständigem Verzicht auf öffentliche Mittel auf rein eigenwirtschaftlicher Grundlage.

Die Aktivitäten der W.D.R. umfassen heute vier Bereiche: Die Föhr-Amrum-Linie (FAL), die Hallig-Linie (HAL), Ausflugsverkehr in Zusammenarbeit mit Partnerreedereien sowie der ÖPNV auf Föhr und Amrum. Derzeit bereedert die W.D.R. fünf eigene Autofähren ("Nordfriesland", "Schleswig-Holstein", "Uthlande", den 2018 in Dienst gestellten Neubau "Norderaue" und "Hilligenlei". Die "Rungholt" wurde im Oktober 2019 verkauft.). Im Linienbusverkehr werden insgesamt 8 moderne Fahrzeuge eingesetzt, drei Drehgelenk- und ein Solofahrzeug verkehren auf Amrum, vier weitere Solo- und Drehgelenkfahrzeuge auf Föhr.

Insgesamt beschäftigt die Wyker Dampfschiffs-Reederei Föhr-Amrum GmbH in allen Betriebssparten rund 160 Mitarbeiter. Das Unternehmen hat knapp 315 Gesellschafter, deren Interessen der mit neun Mitgliedern besetzte Aufsichtsrat vertritt. Die Stadt Wyk auf Föhr als einstige Mehrheitsgesellschafterin hat in den vergangenen Jahren einen erheblichen Teil ihrer Beteiligung veräußert, in diesem Zuge sind neue Gesellschafter in das Unternehmen eingetreten.

Die Stadt hält heute einen Anteil von 31,9 % an der W.D.R. Zu den neuen Anteilseignern zählt u.a. die Norden-Frisia Beteiligungsgesellschaft mit einem Anteil von 39,7%. Umgekehrt ist die W.D.R. Aktionärin bei AG Reederei Norden-Frisia. Ein gegenseitiges Beteiligungsverhältnis besteht auch mit der Neuen Pellwormer Dampfschiffahrts-GmbH.